Диагноз аномалия матки можно поставить на основании анамнеза, УЗИ или магнитной томограммы, но в некоторых случаях для подтверждения или уточнения диагноза необходима лапароскопия. Лапароскопия также используется при лечении аномалий матки, называемых однорогой или двурогой или в случае выкидыша из-за недостаточности шейки матки. Если выкидыш происходит не смотря на наложение влагалищных швов, швы накладываются на шейку матки с помощью лапароскопии.
При вагинальных аномалиях; например в случаях врождённого отсутствия или укорочения влагалища или после операцонного укорочения влагалища его можно удлинить или создать с помощью лапароскопии.